30 ноября 2013 года Японское аэрокосмическое агентство JAXA сообщило, что японский астронавт Такуя Ониси (Takuya Onishi) включен в состав 48/49-й экспедиции на Международную космическую станцию. Экипаж будет доставлен на МКС на российском корабле «Союз» в июне 2016 года.
В апреле 2014 года появилось сообщение, что бортинженером-2 ТПК «Союз» назначена астронавт НАСА Кэтлин Рубинс (Kathleen Rubins).
В июле 2014 года в связи с тем, что старт экспедиции планировался на первом корабле серии «Союз-МС», а пилотировать и испытывать его должен опытный космонавт, планировавшийся ранее на должность командира корабля Анатолий Иванишин решением многосторонней комиссии MCOP заменен Федором Юрчихиным.
Однако на состоявшемся 16 декабря 2014 года заседании Межведомственной комиссии по отбору космонавтов и их назначению в составы экипажей пилотируемых кораблей и станций, в связи с тем, что экспедиция стартует на корабле серии «Союз ТМА-М», экипаж был утвержден в прежнем составе:
командир ТПК «Союз ТМА-М» - Анатолий Иванишин
бортинженер ТПК «Союз ТМА-М» - Takuya Onishi
бортинженер-2 ТПК «Союз ТМА-М» - Kathleen Rubins
2 - 4 февраля 2015 года экипаж в составе Анатолия Иванишина, Такуя Ониси, Кэтлин Рубинс прошел двухсуточную тренировку по действиям в случае аварийной посадки в лесисто-болотистой местности зимой. В течение 48 часов экипаж отрабатывал операции, необходимые при выживании в случае нештатной посадки спускаемого аппарата.
6 ноября 2015 года. Официально объявлено, что в связи с переносом с ноября на декабрь запуска первого грузового корабля нового поколения «Прогресс МС» изменился план полетов российских космических кораблей к МКС в первой половине 2016 года. Поскольку перед стартом первого пилотируемого корабля новой серии «Союз-МС» в целях безопасности должно состояться два пуска грузовых кораблей серии «Прогресс МС», первый модернизированный пилотируемый корабль «Союз-МС» стартует 21 июня 2016 года.
14 января 2016 года. В монтажно-испытательном корпусе на космодроме Байконур расчеты предприятий ракетно-космической отрасли приступили к автономным проверкам блоков ракеты-носителя «Союз-ФГ», предназначенно для вывода на орбиту первого модернизированного корабля новой серии «Союз МС». Кроме того, началась подготовка к сборке ракеты-носителя в «пакет» из первой и второй ступеней. После проведения сборки и выполнения цикла автономных проверок ракета-носитель будет переведена в режим хранения.
29 апреля 2016 года. Департамент коммуникаций Госкорпорации «Роскосмос» сообщил, что для увеличения эффективности работы космонавтов внесены изменения в программу полета российского сегмента МКС, а соответствии с которыми запуск ТПК «Союз-МС», намеченный на 21 июня, переносится на 24 июня 2016 года.
17 мая 2016 года. На космодроме Байконур продолжается подготовка первого ТПК «Союз МС». Специалисты РКК «Энергия» провели проверку автоматической системы управления двигателями ориентации космического корабля. В процессе испытания ТПК «Союз МС» был вертикализирован, а также была проведена его «раскачка». Установленная измерительная аппаратура регистрировала прохождение сигнала автоматической системы управления двигателями ориентации при отклонениях космического корабля от вертикального положения.
25 мая 2016 года. На космодроме Байконур завершены начатые 20 мая 2016 года проверки на герметичность в вакуум-камере ТПК «Союз МС». После завершения проверок корабль будет перевезен в монтажно-испытательный корпус площадки 254 для проведения дальнейших автономных проверок.
26 мая 2016 года. На космодром Байконур доставлена двигательная установка системы аварийного спасения (САС) для ТПК «Союз МС». САС будет пристыкована к головной части ракеты-носителя во время общей сборки, которая запланирована на 20 июня.
26 мая 2016 года. В Центре подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина основной и дублирующий экипажи 48/49-й длительной экспедиции на МКС приступили к завершению предполетного этапа подготовки в ЦПК – комплексным экзаменационным тренировкам (КЭТ). Дублирующий экипаж экспедиции: Олег Новицкий, Тома Песке и Пегги Уитсон начал экзаменационную тренировку на тренажере ТПК «Союз МС». После этого основной экипаж: Анатолий Иванишин, Такуя Ониси и Кэтлин Рубинс, приступил к экзаменационной тренировке на российском сегменте МКС (КТ РС МКС).
27 мая 2016 года. В Центре подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина в завершающий день тренировок основной экипаж (Анатолий Иванишин, Такуя Ониси, Кэтлин Рубинс) прошёл тренировку на тренажёре корабля «Союз МС», а дублирующий экипаж (Олег Новицкий, Тома Песке, Пегги Уитсон) – на российском сегменте Международной космической станции.
1 июня 2016 года агентства «Интерфакс» сообщило о переносе запуска корабля «Союз МС». «В связи с возникшими техническими проблемами, намеченный на 24 июня запуск корабля «Союз МС» с экипажем 48/49-й экспедиции МКС переносится на 7-8 июля», - сказал собеседник агентства. По информации источника, сбой возник в программном обеспечении корабля и для его устранения потребуется около двух недель. Решение рекомендовать перенести пуск для устранения возникшей неисправности может быть принято специалистами ракетно-космической отрасли на заседании в среду. Решение о переносе предстоит окончательно утвердить госкомиссии «Роскосмоса» под председательством первого замглавы госкорпорации Александра Иванова. О сложившейся ситуации ему будет доложено в четверг. Тогда же, по словам источника, может быть принято решение о новой дате пуска.
Позже в этот же день в пресс-служба «Роскосмоса» опроверга перенос запуска нового пилотируемого корабля.
2 июня 2016 года. Межведомственная комиссия «Роскосмоса» приступила к работе, и пока склоняется перенести запуск корабля «Союз-МС», чтобы не рисковать безопасностью экипажа, сообщил источник «РИА Новости», знакомый с развитием ситуации. «Комиссия приступила к работе. В четверг-пятницу будет проведен тщательный анализ. Возможно, что до понедельника специалистам на Байконуре удастся устранить технические замечания, препятствующие осуществлению запуска 24 июня, но, вероятнее всего, чтобы не рисковать безопасностью экипажа, в понедельник будет принято решение о переносе пуска на 7 или 8 июля»,— рассказал он.
3 июня 2016 года. Специалисты рекомендуют госкорпорации «Роскосмоса» не переносить возвращение на Землю членов экипажа Международной космической станции, однако все же перенести запуск нового корабля «Союз-МС» на 7 июля. Об этом сообщил ТАСС источник в ракетно-космической отрасли. Кроме того, рассказал источник, с корабля «Союз-МС» снимут блок управления резервным контуром, сменивший стоявший на представителях предыдущих серий «Союзов» блок управления причаливанием и ориентацией. Оборудование отправят в Москву для перепрошивки программного обеспечения, пояснил собеседник агентства.
6 июня 2016 года. Для повышения безопасности полёта к МКС первого пилотируемого корабля новой модификации «Союз-МС» Государственная комиссия Госкорпорации «Роскосмос» приняла решение провести ряд дополнительных тестов программного обеспечения, и перенести запуск ракеты-носителя «Союз-ФГ» с ТПК «Союз-МС» на 7 июля 2016 года в 04:36 мск.
24 июня 2016 года. На космодром Байконур прибыли основной (бортом RF-65150) и дублирующий (бортом RF-65151) экипажи ТПК «Союз МС». Оба экспажа проведут на космодроме заключительный этап предстартовой подготовки. После встречи экипажи в сопровождении оперативной группы ЦПК им. Ю.А.Гагарина отправились в Испытательный учебно-тренировочный комплекс, где в течение двух недель будут готовиться к полёту.
25 июня 2016 года. На космодроме Байконур состоялось заседание Технического руководства, на котором принято решение о заправке корабля «Союз МС» компонентами ракетного топлива и сжатыми газами.
Члены основного и дублирующего экипажей ТПК «Союз МС» приступили к заключительным тренировкам. Основной экипаж провел примерку скафандров «Сокол-КВ» и после теста их на герметичность занял места в своём корабле. Экипаж проверил систему радиосвязи, лазерный дальномер, ознакомился с бортовой документацией, изучил программу полета и список запланированных к доставке на МКС грузов.
27 июня 2016 года. Специалисты РКК «Энергия» на космодроме Байконур успешно выполнили операции по заправке ТПК новой серии «Союз МС» компонентами топлива и сжатыми газами. После заправки корабль доставлен в монтажно-испытательный комплекс космических аппаратов и установлен на стапель для проведения дальнейших предстартовых работ.
28 июня 2016 года. Специалисты РКК «Энергия» на космодроме Байконур успешно выполнили комплекс технологических операций по стыковке ТПК новой модификации «Союз МС» с переходным отсеком.
30 июня 2016 года. Специалисты РКК «Энергия» на космодроме Байконур провели авторский осмотр первого пилотируемого корабля новой модификации «Союз МС» и выполнили технологические операции по накатке головного обтекателя ракеты-носителя «Союз-ФГ».
2 июля 2016 года. На космодроме Байконур основной и дублирующий экипажи 48/49-й длительной экспедиции на МКС провели контрольную «примерку» ТПК «Союз МС». После вводного инструктажа оба экипажа ознакомились с составом и размещением грузов и снаряжения в спускаемом аппарате и бытовом отсеке, а затем осмотрели первый корабль новой серии «Союз МС». По окончании осмотра экипажи доложили о том, что по результатам контрольной «примерки» замечаний нет, и поблагодарили всех специалистов за работу. После «примерки» экипажи посетили сборочный цех Байконурского филиала ФГУП ГНПРКЦ «ЦСКБ-Прогресс» на 112-й площадке космодрома, где осмотрели ракету-носитель, которая выведет ТПК на орбиту.
2 июля 2016 года. Первый пилотируемый корабль новой модификации «Союз МС» в составе головного блока транспортирован на общую сборку с ракетой-носителем «Союз ФГ». Транспортировка выполнялась железнодорожным транспортом. Комплекс технологических операции по общей сборке запланирован на 3 июля в монтажно-испытательном корпусе ракет-носителей (МИК РН) в рамках подготовки к старту по программе Международной космической станции.
3 июля 2016 года. Завершена общая сборка ракетно-космического комплекса. В течение дня головной блок с кораблём был пристыкован к третьей ступени ракеты в монтажно-испытательном корпусе ракет-носителей (МИК РН). Представители технического руководства и государственной комиссии на космодроме Байконур выдали заключение о готовности ракетно-космического комплекса в составе ТПК новой модификации «Союз МС» и РН «Союз-ФГ» к вывозу и установке на стартовом комплексе.
4 июля 2016 года. Ракета-носитель среднего класса «Союз-ФГ» с первым пилотируемым кораблём новой серии «Союз МС» вывезена из монтажно-испытательного корпуса и установлена в вертикальное положение на стартовом сооружении площадки № 1 («Гагаринский старт») космодрома Байконур. Специалисты РКК «Энергия» и других задействованных в подготовке запуска организаций выполняют заключительные технологические операции на стартовом комплексе. Проводятся предстартовые испытания систем и агрегатов ракетно-космического комплекса, проверяется взаимодействие бортовой аппаратуры и наземного оборудования. На головном обтекателе ракеты вместе с названием модернизированного корабля нанесена юбилейная надпись «70 лет РКК «Энергия».
6 июля 2016 года. На 17-й площадке Центра подготовки космонавтов на космодроме Байконур состоялось заседание Государственная комиссии по проведению лётных испытаний пилотируемых космических комплексов, на которой были утверждены основной и дублирующий составы экипажей корабля «Союз МС» и 48/49-й длительной экспедиции на МКС.
В составе основного экипажа утверждены:
Командир ТПК - Анатолий Иванишин;
бортинженер ТПК - Такуя Ониси;
бортинженер-2 ТПК - Кэтлин Рубинс.
В составе дублирующего экипажа утверждены:
Командир ТПК - Олег Новицкий;
бортинженер ТПК - Тома Песке;
бортинженер-2 ТПК - Пегги Уитсон.
7 июля 2016 года. В 01:36:41 UTC (04:36:41 мск) с ПУ №5 площадки №1 космодрома Байконур стартовыми расчетами ГК «Роскосмос» осуществлен пуск ракеты-носителя «Союз-ФГ» (11А511-ФГ) №Р15000-056 с пилотируемым космическим кораблем «Союз МС».
В 01:45:28.26 UTC (04:45:28.26 мск) космический корабль «Союз МС» отделился от последней ступени носителя и вышел на околоземную орбиту с параметрами:
• минимальная высота над поверхностью Земли – 199,03 км;
• максимальная высота над поверхностью Земли – 247,13 км;
• период обращения – 88,68 мин;
• наклонение орбиты – 51,65°.
Состоявшийся запуск был посвящен 70-й годовщине со дня создания РКК «Энергия». В связи с этим на корпус ракеты была нанесена памятная эмблема. Сближение с МКС осуществляется по классической 34-витковой схеме.
9 июля 2016 года. В 04:06:31 UTC (07:06:31 мск) ТПК «Союз МС» успешно пристыковался к модулю «Рассвет» (МИМ1) российского сегмента МКС. При сближении и стыковке использовалась усовершенствованная радиотехническая система «Курс-НА», которая по сравнению с более ранней версией обладает улучшенными массогабаритными характеристиками. В 06:25 UTC (09:25 мск) экипаж ТПК «Союз МС» перешел на борт Международной космической станции.
19 августа 2016 года состоялся выход в открытый космос по американской программе. Во время выхода астронавты Джеффри Уилльямс и Кэтлин Рубинс
установили на гермоадаптере PMA-2 американского сегмента МКС новый многофункциональный стыковочный адаптер IDA-24, проложили кабель передачи данных для стыковочного адаптера IDA-3 по Лабораторному модулю «Дестини» и Узловому модулю «Хармони», а на секции Z1 проложен кабель стандарта Ethernet для модернизированных компьютеров MDM.
Выход в космос начался в 12:56 и продолжался до 17:39 UTC.Выход в космос начался
в 12:56 и продолжался до 17:39 UTC.Выход в космос начался в 12:04 и продолжался до 18:02 UTC. Продолжительность пребывания астронавтов в открытом космосе составила
.
1 сентября 2016 года состоялся выход в открытый космос по американской программе. Во время выхода астронавты Джеффри Уилльямс и Кэтлин Рубинс
свернули задний радиатор P6, заменили неисправный светильник на телекамере ETVCG и установили две камеры высокого разрешения на секции P1, подтянули болты на подпорках секции P4, осмотрели левый узел вращения SARJ между секциями P3 и P4.
Выход в космос начался в 11:53 и продолжался до 18:41 UTC. Продолжительность пребывания астронавтов в открытом космосе составила
.
6 сентября 2016 года Джеффри Уилльямс передал командование МКС Анатолию Иванишину.
28 октября 2016 года Роберт Кимброу принял командование МКС от Анатолия Иванишина.
30 октября 2016 года в 00:35 UTC (03:35 мск) ТПК «Союз МС» успешно отстыковался от Международной космической станции. В 03:35 UTC (06:35 мск) произошло разделение отсеков корабля. В 03:43 UTC (06:43 мск) был выведен тормозной парашют, в 03:44 UTC (06:44 мск) выведен основной парашют.
30 октября 2016 года в 03:58 UTC (06:58 мск) спускаемый аппарат корабля совершил посадку на территории Казахстана в 148 километрах юго-восточнее города Джезказган.
Продолжительность полета составила